Les légendes, retranscrites pour la plupart par Plutarque, où l'on retrouve Isis sont relativement nombreuses comme cela convient à une déesse très connue et appréciée. Dans le "Traité d'Isis et d'Osiris", Plutarque rassemble divers documents provenant de sources d’époques et de lieux différents. Il s’adresse à Cléa, une prêtresse d’Isis de Delphes, avec qui il discute sur la relation entre l’Homme et les dieux. Puis il abord le mythe d'Isis et d'Osiris son mythe en précisant qu’il a omis de rapporter certains épisodes peu importants ou les « épisodes les plus choquants comme le démembrement d’Horus et la décollation d’Isis »
① Isis et Osiris
Isis a retrouvé et a rassemblé le corps d'Osiris après le meurtre et son démembrement par Seth. Dans cet aspect elle a pris temporairement le rôle d'une déesse des morts et des rites funéraires. Grâce à sa magie, Isis s'est imprégnée du cadavre et elle a par la suite donné naissance à Horus. Elle a enfanté dans le secret à Khemmis dans le delta du Nil et a caché l'enfant dans les marais de papyrus. Horus plus tard a défait Seth et est devenu le premier dirigeant d'une Égypte unie (voir la légende complète)
Presque toutes les croyances du culte funéraire peuvent être retrouvées dans ce mythe : le coffre qui correspond exactement à la taille d'Osiris est le précurseur du cercueil qui épouse la forme du corps humain et il est conçu pour le protéger. L'importance d'un enterrement correct est mise en valeur par les efforts d'Isis pour retrouver le corps d'Osiris. L'importance d'avoir un coprs intact lors la résurrection dans l'au-delà est démontrée par la recherche d'Isis de toutes les parties du corps de son mari découpé. Enfin, et surtout, quand Isis récite les mots magiques nécessaires, Osiris ressuscite dans le même corps avec lequel il a vécu de son vivant. La momification devient ainsi indispensable à l'immortalité : Le corps complet doit être impérativement conservé pour la nouvelle vie dans l'au-delà et soumis à un rituel bien précis.
② Les sept scorpions
La stèle de Metternich conservée au Metropolitan Museum de New York décrit comment Isis guérit un enfant d'une piqûre venimeuse de scorpion.
Isis se cachait de Seth, meurtrier de son époux, Osiris, afin de pouvoir élever leur fils Horus jusqu'à ce qu'il soit en âge de venger son père. Un soir, Isis sortit des marais accompagnée de sept scorpions : Petet, Tjetet, Matet la précédaient, Meseret, Mesetetef marchaient à ses côtés tandis que Tefen et Befen fermaient la marche.
Isis les obligeait à une grande discrétion ce qui n'était pas toujours chose facile. Elle chercha un refuge pour y passer la nuit.
Une femme fortunée, appartenant à la noblesse locale referma sa porte à la vue de l'étrange cortège En revanche une jeune paysanne pauvre lui offrit l'hospitalité. Les sept scorpions outrés du mauvais accueil initial décidèrent de se venger. Tefen s'introduit dans la maison de la noble, après avoir stocké dans son dard le venin des six autres scorpions, et piqua son fils pour se venger.
La mère chercha en vain du secours dans toute la ville pour sauver son fils qui allait mourir. Cependant, Isis ne pouvait pas laisser mourir un enfant innocent. Elle décida de rendre vie au petit garçon; elle nomma chaque scorpion par son nom, afin de les dominer et prononça une formule magique qui neutralisa le poison. En voyant son fils sauvé, la femme riche offrit toute sa fortune à Isis qui les donna à son tour à la jeune paysanne.
Désormais, cette formule magique décrite sur la stèle est applicable pour soigner toute personne piquée par un scorpion, à condition que les mots soient récités conjointement avec l'administration d'un onguent fait de pain d'orge, d'ail et de sel.
③ Isis contre Seth
Lors du procès de Seth contre Horus, Rê décida que le conseil se réunirait sur "l'île
du milieu" et afin d'éviter la présence d'Isis qui faisait changer d'avis les juges, Anti, le nautonier divin, reçut l'ordre de ne pas la faire
passer sur son bateau. La déesse se déguisa alors en vieille
femme et acheta Anti avec une bague d'or. Une fois sur l'île, elle se
transforma en belle et jeune femme pour séduire Seth. Elle lui raconta
qu'elle était la veuve d'un berger, et qu'un étranger avait volé
les troupeaux à son fils unique.
Elle lui demanda de l'aider et Seth
déclara qu'il était injuste qu'un fils soit dépouillé
de son héritage et l'Ennéade confirma ses dires. Isis se transforma
en oiselle et s'envola dans un arbre, disant à Seth qu'il s'était
condamné lui-même. (lire la légende complète)
④ Le nom de Rê
Pour parvenir à connaître le nom secret de Rê et le forcer à donner ses pouvoirs à son fils Horus, Isis la magicienne s'arrange pour que le dieu vieillissant se fasse piquer par un serpent qu'elle avait créé à partir d'un peu de la salive du dieu et de limon et se voit condamné à en mourir dans de grandes souffrances. Ensuite, elle lui promet la guérison contre la divulgation - à elle seule - de son nom secret. Il finit par céder mais jamais Isis ne révélera le nom secret du dieu. (voir la légende complète)
⑤ Isis trompée
Plutarque raconte qu'Isis apprit qu'Osiris avait eu, par méprise, une relation sexuelle avec Nephtys sa sœur en la prenant pour Isis elle-même.
La preuve de cette faute fut la découverte d'une couronne de mélilot laissée par Osiris auprès de Nephtys.
Quand Nephtys donna naissance à Anubis elle préféra l'abandonner le jour même de peur de la colère de Seth, son époux. Isis fut émue par le sort du malheureux Anubis, elle l'adopta et l'éleva comme son propre fils.
⑥ Isis décapitée
Pour savoir qui des deux est le plus apte à succéder à Osiris, le vigoureux Seth lance un défi au jeune Horus. Les deux dieux prennent l'apparence d'hippopotames puis plongent dans les eaux du Nil afin de s'affronter en un duel à mort. Si l'un d'eux émerge hors des flots avant trois mois pleins, celui-là n'est pas digne de la fonction royale. L'affrontement se déroula le vingt-sixième jour du premier mois de la saison d'Akhet situé au début de la crue du Nil vers les mois de juillet-août. La déesse Isis, restée au bord du fleuve, prend peur et craint pour la vie de son fils Horus. Très vite, elle confectionne un harpon magique qui atteint tout seul sa proie.
Horus accepta le défi de Seth qui consistait à se transformer en hippopotame et à rester 3 mois sous l'eau. Isis, craignant que son fils perde la partie, fabriqua un harpon de cuivre qu'elle jeta dans l'eau. Elle toucha d'abord Horus par accident puis harponna Seth qui demanda grâce. Isis eut pitié de lui et le relâcha. Horus fut tellement irrité qu'il sortit de l'eau, coupa la tête de sa mère et s'enfuit en l'emportant dans les dunes du désert. Isis se transforma en statue de pierre et retourna auprès de l'assemblée des dieux où Thot la reconnut.