La chapelle rouge a été construite à l’origine comme le reposoir de la barque sacrée du dieu Amon sous le règne d’Hatchepsout. qui fut le cinquième pharaon de la XVIIIe dynastie. La chapelle a été démolie pendant l'Antiquité et ses matériaux ont été réutilisés pour d'autres édifices. A la suite à sa redécouverte à l'époque moderne, la chapelle a été reconstruite de 1997 à 2001 en utilisant ses matériaux d'origine par une équipe franco-égyptienne (CFEETK).
L'emplacement d'origine de la chapelle se trouvait peut-être dans la cour centrale du temple d'Amon à Karnak, près de Thèbes. ou bien elle aurait pu être située entre les deux obélisques d'Hatchepsout. Actuellement la chapelle se trouve dans le musée en plein air de Karnak.
Lors des travaux de restauration, on a découvert que la construction de la chapelle avait probablement commencé peu de temps avant la mort d'Hatchepsout. Après sa mort, son successeur, Thoutmosis III, poursuivit la construction de la chapelle, mais ne la termina jamais. Cette hypothèse repose sur le fait que les blocs formant les rangées supérieures des murs de l'édifice, ainsi que les registres supérieurs de sa façade sud et les portes en diorite portent uniquement le nom du roi Thoutmosis III sans doute parce qu'il était déjà monté sur le trône du roi.
On remarquera dans le relief ci-contre que
Thoutmôsis III et Hatchepsout ont la même taille et donc ils ont un statut identique. Ils sont repérés par leur cartouche au-dessus de leur tête.